В прудовом рыбоводстве распространена сходная с бранхиомикозом жаберная гниль, сопровождающаяся омертвением и распадом отдельных лепестков жабр, однако это не инфекционное заболевание. Оно возникает в результате антисанитарного содержания водоема, в котором накопилось много вредных для рыб органических веществ. 

Развитию болезни способствует длительная эксплуатация прудов без проведения мелиоративных работ, слишком плотные посадки рыбы, чрезмерно интенсивное удобрение прудов органическими веществами, большое скопление уток, бесконтрольное кормление рыбы, чрезмерное развитие и отмирание сине-зеленых водорослей, несвоевременная уборка скошенной водной растительности. Слишком кислая или слишком щелочная реакция воды вызывает застойные явления в жабрах, тем самым снижая устойчивость ткани. Наряду с этим низкое значение pH воды и высокая температура создают условия для развития различной микрофлоры на отмерших участках жабр (вторичная инфекция).

При появлении у рыбы жаберной гнили устанавливают характер заболевания. Если оно не заразное, то карантин не объявляют, а проводят лишь соответствующие санитарные мероприятия, направленные на коренное улучшение условий обитания рыб.