Непрерывно идущий биохимический процесс (особенно в мелководных, хорошо прогреваемых солнцем, в непроточных или слабопроточных прудах) создает условия для образования на дне водоема ила. Он может образовываться в результате размыва берегов, жизнедеятельности водной растительности, водных животных и других организмов, различных биохимических процессов, а также попадать в водоем с суши вместе с дождевой й паводковой водой, несущей грязь, грунты, песок, мусор, различные минеральные или органические частицы.

Ил, образующийся в результате размыва берегов, состоит из более или менее крупных частиц гравия и песка. Такой ил обычно оседает в береговой полосе, а муть и взвешенные частицы опускаются на дно водоема. Ил (сапропель, или гиттья), отлагающийся на дне пруда, богат органическими веществами, в которых происходят интенсивные химические процессы (на окисление органических веществ расходуется большое количество растворенного в воде кислорода). В результате в придонных слоях возникает кислородный дефицит, приводящий к гибели водных организмов.

Неглубокий слой ила (10-15 см) имеет важное значение для повышения продуктивности рыбоводного пруда. В водоемах с избыточным слоем ила, особенно состоящего из остатков грубой растительности, возрастает кислотность почвы, резко ухудшается газовый режим, снижается продуктивность пруда, а если пруд неспускной, то затрудняется вылов рыбы. Ил можно выкачивать с помощью передвижной землесосной машины или специальным погружным низконапорным грунтовым насосом.

Сапропель — это вязкая масса, состоящая, в основном, из органического вещества — детрита. Детрит бывает тонкий, образующийся из отмерших низших растений и животных, и грубый, образующийся из отмерших высших водяных растений. Тонкий детрит используется животными организмами, населяющими дно водоема; грубый детрит — малопитателен.

Сапропель можно использовать как удобрение (после проветривания), особенно эффективен он на кислых и легких песчаных и супесчаных почвах. Некоторые сапропели, богатые солями кальция, железа, фосфора, добавляют в рацион сельскохозяйственных животных в качестве минеральной подкормки.

Для предотвращения заиления, заболачивания и закисления почвы ложа спускных прудов (или его отдельных участков) необходимо проложить на дне сеть водосборных канав и периодически осушать пруды. В результате осушения накопившийся на дне ил подсыхает и минерализуется. Его можно удалять во время спуска воды, взбалтывая тросом или канатом с подвязанными к нему ветвями хвойных деревьев или лиственных кустарников. Для предохранения пруда от заиления не следует допускать распашки лугов и склонов балок, лощин, оврагов ближе чем за 10 м от уреза (края) воды.