Карантинные пруды создают для временного выдерживания рыбы, завезенной из другого прудового хозяйства. В них отсаживают всю заболевшую или подозреваемую в заболевании рыбу. Площадь карантинных прудов несколько поменьше маточных, глубина —до 1,5 м, средняя глубина — 1-1,3 м. Эти пруды устраивают в нижнем (по водостоку) участке, изолированно от всех остальных рыбоводных прудов.