Если на дне или в береговой зоне водоема бьют родники или ключи, то места выхода их на поверхность следует очищать от ила, грязи и растительности. Дно в этих местах покрывают галькой или песком, насыпая их слоем 2-3 см, а края участка укрепляют кирпичной кладкой. На берегу у выхода на поверхность грунтовых вод прерывают водосборную канаву, направляя стекающую воду в пруд. Необходимо вести постоянную борьбу с загрязнением водоемов, ибо загрязнение прудов, попадание в них ядовитых веществ и болезнетворных микроорганизмов могут привести к гибели рыбы.

Рыбоводная мелиорация создает благоприятные условия для развития водных организмов, составляющих пищу рыб, и способствует интенсивному использованию как естественных, так и искусственных кормов, в результате чего увеличивается интенсивность роста рыбы и улучшаются ее пищевые качества. В запущенных, заросших, сильно заболоченных пруда, где рыбоводная мелиорация не применяется, как правило, обитает мелкая, костлявая, малоценная рыба. Разводить и выращивать в таких водоемах ценные породы рыб не имеет смысла. Поэтому мелиорация является одним из обязательных условий культурного ведения прудового рыбоводного хозяйства.

Для дыхания рыбам необходим кислород, растворенный в воде в количестве не менее чем 3-6 куб. см/л. В рыбоводных прудах иногда ощущается резкий недостаток кислорода, что может привести к гибели рыбы (так называемому замору). Чаще всего замор наблюдается в середине или в конце зимы. Начало его можно определить по следующему признаку: к прорубям начинают подходить жуки-плавуны и другие водные насекомые. 

Одно из важнейших мелиоративных мероприятий — внесение в почву прудового ложа негашеной извести, которая имеет широкий спектр действия. Она нейтрализует кислые почвы и благотворно влияет на развитие многих полезных водных организмов, для которых избыточная кислотность воды очень вредна; обеззараживает ложе пруда, убивая болезнетворные организмы и яйца насекомых — вредителей рыб; минерализует и растворяет соединения азота, фосфора и других биогенных элементов, разрыхляет ил, улучшает его структуру и повышает плодородность почвы.